FlashDevelop 3 beta9 はFlex SDKがそのまま使えます
http://d.hatena.ne.jp/tanakahisateru/20080830/1220043869
で書いたパッチを含んだ、FlashDevelop 3 beta9 がリリースされました。これで、Flex SDKの改変なしにAS3プロジェクトをビルド/実行できるようになります。-Duser.language=en の追加も、日本語リソース削除もせずに動くのを確認しました。
FlashDevelop.org - View topic - FlashDevelop 3.0.0 Beta9 released
ほか、superの補完が効くとか、次のバージョンのインストールでユーザ設定を消さないとか、64ビットバグフィクスだとか…。